文献详解|单基因纯生信分析发6+分,这篇文章有啥神操作?

小张聊科研 2020-09-17 10:09

i生信近期给大家分享了两篇单基因纯生信分析的文章{文献详解|单基因~零代码~纯生信类文献详解|一篇Front Oncol教你肿瘤单基因生信研究新招!}阅读量都很可观,可见大家对于单基因的生信研究还是很感兴趣的。在上篇的单基因纯生信分析文章中,我们的橘子同学有提到我们目前有个腾飞计划,这个腾飞计划就是对目标明确的单个基因进行一系列的生信分析,基于这些分析结果能够直接进行SCI文章的撰写,是不是很厉害,欲知腾飞计划详情,请后台联系小编哦。

 

今天要给大家分享的这篇文章是今年8月底发表在Genomics(IF=6.205)上的单基因纯生信分析文章,文章的分析内容与我们的腾飞计划有异曲同工之处,话不多说我们一起来看下这篇文章为什么能发6分以上吧。

 

研究背景:

低级别胶质瘤(LGG)是大脑最常见的原发恶性肿瘤,在肿瘤生物学行为方面表现出极大的内在异质性。LGG患者预后较差,因此,亟需寻找高准确度的LGG预后标志物。ADP核糖基化因子(ARF)家族隶属于RAS超家族,在胶质瘤的发生和转移中起着重要的致癌作用,其新成员ARL9在LGG中的作用尚无研究报道。

 

研究结果:

1. TCGA分析ARL9临床预后价值

作者首先利用GEPIA分析了TCGA中LGG和正常组织中ARL9的表达量,结果显示LGG中ARL9显著低表达(这里还额外利用了Rembrandt数据库的信息进行表达验证)。然后,对ARL9的表达量与其DNA甲基化(24个CpG位点)水平进行了关联分析,结果显示两者显著负相关。

 

紧接着,作者对与ARL9表达显著相关的10个CpG位点进行了预后分析,结果显示ARL9高甲基化水平预示LGG患者良好预后。随后,作者分析了ARL9表达量及甲基化水平与临床病理特征(年龄、性别、WHO分级、IDH1突变等)之间的相关性。

 

2. ARL9临床预后价值验证

获得上述分析结果后,作者又利用另外三个数据库(CGGA、Rembrandt、Gravendeel)进行了进一步的验证分析,包括ARL9表达预后分析及其预后与临床病理特征的相关性分析。

 

3. ARL9表达的meta分析

最后,作用利用meta分析将四个数据库中ARL9预后分析结果进行了汇总分析,结果显示4个数据集的预后结果没有明显差异,均提示ARL9低表达是LGG预后良好的重要指标。(至此,ARL9表达与LGG临床预后的分析就结束啦,很多3+左右的预后分析文章也是在这一部分止步的)

4. ARL9免疫相关分析

为了进一步确定ARL9与LGG的相关性,作者利用TIMER数据库分析了ARL9与免疫细胞浸润的相关性,结果显示ARL9的表达量与多种免疫细胞的marker显著相关。同时,分析发现ARL9的表达量与PD-1和PD-L1正相关。(本文作者没有止步于预后分析,而是进行了延伸分析,将肿瘤免疫浸润与LGG预后密切相关基因ARL9进行了联合分析,这一步可谓文章的点睛之笔,也是文章提升到6+的关键)


5. ARL9相关通路分析

文章的最后,作者对LGG中ARL相关的通路进行了分析。

 

总结:

通篇文章用到的都是常规的分析,并没有新的或者特别复杂的分析,之所以能发到6+以上,小编认为主要有两点:一是对TCGA分析结果进行了多个数据库的验证分析;二是将ARL9与目前大火的肿瘤免疫浸润进行了关联分析。

如果你也有某个感兴趣的基因想要做下生信分析,快速发文章,那么就可以试试我们的腾飞计划,绝对分析内容想你所想,分析结果得你所得。


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