生信入门课-2022年暑期班(收官之作)

生信技能树 2022-06-23 19:37


 今年的收官之作来的有点早,不过恰好是大家都比较有空的暑期,错过这一期就只能是等待圣诞节元旦节之后了,就是2023年啦。

前面我们在难者不会,会者不难 点出来了其实入门生物信息学确实有方法,而且越来越多人的选择了我们的马拉松直播互动授课。一旦你拥有了数据分析的思维,看待生命科学领域的不同研究也就有了新角度,见:或许怎么做都对呢?

年初我还雄心壮志试图通过无微不至的个性化科研服务来解决各个课题组生物信息学缺乏这个老大难问题,见:我是如何在一年内亏掉100万的,社会现实给我狠狠的上了一课。还是应该专注于我们的人才培养事业, 虽然我们没办法自己产出CNS等轰动的科研成果,但是我们的努力是给广大生命科学科研从业者夯实基础,见:生信分析的本手妙手俗手

下面是马拉松授课的生信入门单元

常有人问两个线上直播课的区别,在这里简单介绍一下:

生信技能树的粉丝都知道我们有一个全国巡讲的良心学习班,口碑爆棚,生物信息学入门省心省时省力!先看看大家的反馈吧:

疫情严重,在保质保量的高标准严要求下,我们教学团队仍然艰苦奋斗把这些好内容全面线上化。不要犹豫了,滑到文末直接扫描二维码进行咨询并且报名参加,7月18号开课,长达四周直播辅导互动答疑你值得拥有,这绝对会是你人生最正确的决定之一。

过去的两年里,我们的生信入门学习班线下版每到一个城市,当地的小伙伴们口碑传播的比我们生信技能树自媒体矩阵还积极!已经打磨成为了标准品,市面上最快速的帮大家系统性入门生物信息学的绝佳课程,而且我们一直在收集学员们的反馈,逐步改进课程内容设置,研发好授课技巧,注重学员回访,一起进步!

2022年我们会根据实际情况继续开展线下培训,如果你计划在你的城市提供场地,欢迎联系生信技能树创始人jimmy,协商时间地点,见一年一度的生信爆款入门全球听限量免费活动又来啦!

课表

原来的24小时线下集训学习量变成60个小时的线上直播视频课程,连续4个星期,每个星期5天,每天的晚上3个小时互动授课(周三、周日休息)

内容安排如下:

第一周R语言

R语言数据类型与数据结构

函数与R包

文件读写

R语言作图

拓展补充部分

第二周GEO数据挖掘

GEO数据库介绍

数据下载和质控

样本分类与芯片注释获取

差异分析和富集分析

多分组数据处理和多数据集处理

蛋白互作网络绘制

第三周Linux

服务器登录和Linux操作系统认知,基本文本文件及目录操作

文本处理三驾马车(awk,sed,grep)实战演练,基于gencode数据库human的gtf文件

conda管理生物信息学软件,环境变量

相对路径和绝对路径,通配符及参数扩展,快捷方式

批处理和脚本编程

第四周RNA-seq实战

生物信息学常见数据格式:fastq,fasta,sam,bam,vcf,gtf

转录组背景知识

转录组上游流程:文献测序数据下载到质控,比对,定量,拿到表达矩阵

转录组下游分析:3大R包走转录组表达矩阵的差异分析,富集分析,GSEA

其它NGS组学介绍

直播期间穿插练习,讲练结合,充分互动,强调在实战中进步。讲师分章节在线授课及答疑,突发情况可在线求助我们的助教团队,课堂进度也会根据学员们的理解程度灵活作调整。

课程提供完整的回放,哪怕中间缺一次课,也可以其它时间尤其是周六日补起来。但是缺太多可能有问题,所以大家需要迁就一下我们的时间安排:连续4个星期,每个星期5天,前两周上课时间为每天晚上7:30~10:30,后两周上课时间为每天晚上8:00~11:00(北京时间)

如果你赶不上直播课程,或者始终觉得线上学习效果不好,可以选择继续就近参加一次我们不同城市的线下学习班的。(注:线下蹭课需额外缴纳500元的场地费)

第一个福利:买一得五

报名生信入门线上班的全新教学项目者,除了可以参加60个小时的线上视频直播课程,以及一次免费的线下学习班(会根据疫情情况去到全国各地的一些主要城市,需缴纳500元场地费)之外,还可以继续享受5个福利

Linux系统入门视频及配套练习免费领取

Linux云服务认识及登录

操作系统目录和文件操作

文本处理基础及进阶三驾马车

元字符,通配符及shell中的各种扩展

软硬链接,绝对路径和相对路径,环境变量

任务提交及批处理

软件安装及管理

其它视频课程及PDF书籍全套

R语言系统入门视频及配套习题免费领取

了解常量和变量概念

加减乘除等运算(计算器)

多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)

多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)

文件读取和写出

简单统计可视化

无限量函数学习

其它视频课程及PDF书籍全套

RNA-seq数据分析视频及配套习题免费领取

RNA-seq我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程,而且是我们全国巡讲的标准品知识点,其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充:

但凡有Linux基础以及R语言认知,听完了我B站的RNA-seq分析流程都是可以迅速上手自己的项目啦!

GEO和TCGA数据挖掘视频及配套习题免费领取


GEO数据挖掘视频我们已经打磨好了多套无脑代码,在:一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码 ,和免费的数据分析付费的成品代码 。当然了,需要你具备R语言基础知识,才有可能看得懂和使用我们的完美代码!


关于TCGA数据挖掘,大多数需求其实也就是差异和相关性,生存分析等等,我们的视频目录如下:

P1-TCGA-101-课程介绍-需要哪些背景知识

P2-TCGA-102-课程导读-如何使用我的github代码

P3-TCGA-103--TCGA数据库大有作用-不仅仅是灌水

P4-TCGA-201-背景介绍及网页工具大全

P5-TCGA-202-其它数据库介绍

P6-TCGA-203-使用Xena网页工具

P7-TCGA-204-使用firehose网页工具

P8-TCGA-205-文章规律讲解

P9-TCGA-301-数据下载方式导言

P10-TCGA-302-GDC下载数据实战

P11-TCGA-303-GDC数据整理

P12-TCGA-304-GDC下载数据续集

P13-TCGA-305-R-TCGA包下载数据及数据提取

P14-TCGA-306-使用GDC和firehose下载-TCGA的胃癌的甲基化信息数据

P15-TCGA-307-使用GDC和Xena下载RNA-Seq的表达矩阵并且比较

表观调控等多组学分析视频及配套习题免费领取

01 果蝇参考基因组和注释文件准备

02 文献测序原始数据下载

03 ChIP-seq 数据质量控制与过滤

04 ChIP-seq 数据从比对到 Peaks calling

05 RNA-seq 数据从比对到定量

06 用幕布展示此课程目录

07 验证目标基因的指定外显子 knock out 是否有效

08 多个样本基因信号矩阵来相关性计算与可视化

09 对RNA-seq数据找差异基因以及可视化

10 根据差异倍数来计算样本间相关性

11 使用 ChIPseeker 对单组 Peak 进行注释与可视化

12 对多组 Peaks 进行批量注释与可视化

13 通过 bw 文件来计算 ChIP-seq 样本间相关性

14 探索ChIPQC 包用法并且查看 ChIP-seq 数据质量

15 最新版参考基因组注释peaks之果蝇 dm6

16 样本间 Peaks 交集韦恩图

17 基因组版本注释转换

18 使用 R 和 linux 对多个 bed 进行骚操作处理

19 对单个 bed 文件和 bw 文件可视化

20 多个 bw 文件进行可视化

21 获得差异表达基因 bed 文件

22 对多个基因集进行富集分析


如果你是第一次接触我们生信技能树,那么首先恭喜你,你找到家了,先看看我们以前的成果:
根据我与几千名粉丝的沟通得出了一个结论,资料其实并不缺,大家缺的是第一步,是互动是耐心帮你解决最开始的拦路虎这样的服务,所以我们才有线下培训,亲自帮你解决电脑面前的报错,让你的入门不再忐忑。预祝新一年的你,在我们友好的教学团队带领下入门后,生信技能树历史教程合辑会成为你真正的宝藏!

还有惊喜福利

我们每个讲师都会给大家准备几个独家技能小福利

  • 搜索技巧、学习方法、效率工具;

  • 文献查找、翻译、下载、管理工具;

  • PPT技巧、云同步工具、资料推荐。

是否包教包会?

我们不希望看到死缠烂打,胡搅蛮缠的学生,那些自己从来不主动学习,不按照教学计划看视频加完成作业的请不要报名,免得到时候大家都闹心!

然后,大家其实看得出来,我们的教学更加注重基础知识,因为我们都是跨专业一点一滴学过来的,大家入门的痛苦我们都懂,很多朋友没有任何R基础就跑去学单细胞数据处理,只能是走一步摔一跤,还不如爽快一点,抽出时间,跟着我们生信技能树教学团队一起攻克Linux和R,后续数据分析的提高,我们在生信技能树/生信菜鸟团还有1.3万篇教程,其中至少有1427篇数据分析实战教程可以说是涵盖了一个全栈生信工程师技能的方方面面!

生信入门课全新教学项目不包含哪些?

我们不免费提供私人项目咨询服务,仅仅是基础技能教学,我们的理念是让更多人有能力玩转自己的数据,而不是我们替你做分析,我们的目标是培养10万生信工程师!

我们也不提供个性化分析答疑,比如你的WGCNA项目为什么那么奇怪,需要 调整那些参数?你的多个数据集矫正批次效应为什么用了我们生信技能树教程代码仍然不理想?你的GSEA分析为什么不显著,还可以测试哪些统计学方法这样的。但是如果你的疑惑具有普遍性,我们会尽快写成教程在微信公众号推文发出去,比如 对转录组测序的counts矩阵去除批次效应 。

我们就是干干净净的教学,帮助你克服困难安装及打开rstudio,在里面敲代码自由自在的玩转各种统计可视化函数。帮你认识Linux服务器,了解NGS数据的上游分析是什么,完完整整的跑一个RNA-seq数据分析流程。

是否有优惠

没有优惠的。如果是录制好的视频,我可以免费送给所有人看,这个没有问题,因为边际成本为0,但是如果要答疑,一般来说肯定就得收费了。我们的全球直播课程,人力资源消耗更是明显,讲师团队,助教团队,准备工作,答疑,发票,财务等等,都不是靠爱发电的。如果你确实没有经费,尽量自己听我们的免费视频,免费代码,多看教程,只是会多走一些弯路,慢一点学会而已,比我们四五年前自己瞎摸索好多了,毕竟你们有生信技能树作为你的靠山。但是作为公司,我们只能提供服务给能负担得起的客户,希望你理解!

如果你觉得我们免费提供了那么多资料你都不好意思不付费,但是确实捉襟见肘呢,也可以把这个课程推荐给你身边的博士后以及年轻生物学PI,我始终觉得,他们每个人都需要参加这个全国巡讲入门课程。因为术业有专攻,他们生物学背景知识非常好,科研思维能力很强,但就是数据认识不足,这个短板,值得花时间在我们这里解决掉。

如何报名

如果仅仅是参加网课,那么缴费3699即可。如果同时要参加疫情过后的线下面对面学习班,可以预缴500元场地费或者到时候真的想参加了再缴费,我们会提前一个月发布线下面对面开课通知(取决于疫情进展情况)哈。

本期课程7月18号就开始哦,早报名早学习,持续4周我们专业的授课团队等你学习!

添加小助手微信即可咨询报名。⏬

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